Dekat dengan keraton Yogyakarta terdapat sebuah benteng tua yang saat ini berfungsi sebagai museum perjuangan Indonesia.
Inilah benteng Vredeburg, dibangun pada tahun 1760 atas perintah Sri Sultan Hamengku Buwono I dan atas permintaan pemerintah Belanda. Kemudian dipimpin oleh Nicholaas Harting yang menjabat sebagai Gubernur Direktur Pantai Utara Jawa.
Tujuan pembangunan benteng adalah untuk menjaga keamanan keraton. Itu yang dikatakan Belanda, namun dibalik itu keberadaan benteng ini adalah untuk memudahkan pengawasan Belanda terhadap segala aktivitas yang dilakukan oleh keraton Yogyakarta.
Benteng yang berusia hampir 300 tahun ini dikelilingi oleh parit dan keempat sudutnya diberi bastion sebagai pengintai atau ruang jaga. dan dielngkapi bangunan penting, seperti rumah perwira, rumah residen, asrama prajurit, gudang senjata, gudang logistik, hingga rumah sakit.
Sejak didirikan hingga kini, Benteng Vredeburg mengalami beberapa kali perubahan status kepemilikan dan fungsi. Antara 1760-1942, bangunannya digunakan sebagai benteng pertahanan dan markas militer Belanda. Namun, ketika masa penjajahan Inggris (1811-1816), Benteng Vredeburg sempat dikuasai oleh John Crawfurd atas perintah Raffles. Pada 1942, benteng ini diambil alih oleh tentara Jepang yang telah menanamkan kekuasaannya di Indonesia.
Hingga tiga tahun berikutnya, Benteng Vredeburg digunakan sebagai tempat tawanan orang Belanda dan Indonesia, serta markas militer dan gudang senjata tentara Jepang.
Pasca Proklamasi Kemerdekaan Indonesia, Benteng Vredeburg diambil alih oleh instansi militer RI dan digunakan sebagai asrama, markas pasukan, juga gudang perbekalan, dan senjata.
Berubah menjadi museum
Pada 9 Agustus 1980, pemerintah melalui Mendikbud dan atas persetujuan Sri Sultan Hamengku Buwono IX, menetapkan Benteng Vredeburg sebagai pusat informasi dan pengembangan budaya nusantara.
Kemudian pada 16 April 1985, bangunan benteng ini dipugar untuk dijadikan museum. Setelah pemugarannya selesai pada 1987, museum mulai dibuka untuk umum.
Selanjutnya, pada 1992 bangunan museum secara resmi ditetapkan sebagai Museum Khusus Perjuangan Nasional dengan nama Museum Benteng Vredeburg Yogyakarta.
Salah satu keunikan museum ini adalah adanya diorama-dioram yang menggambarkan peristiwa bersejarah di zaman kolonial hingga zaman awal kemerdekaan Indonesia.